随着市场竞争越来越激烈，对养殖户无污染、无公害水产养殖技术和水产养殖品种质量安全升级换代的要求越来越强烈，传统落后的池塘养殖业越来越成为阻碍实现渔业增效增收的瓶颈。
一、池塘基础设施简陋，经济基础薄弱。上个世纪改革开放后８０年代中期到９０年代中期十几年间，广州及其周边农村地区农民自发无序地将承包责任田改挖为池塘。这种行为必然缺少科学、统一、规模、集约化的布局，注定了零星分散布点，不可能充分整合利用自然资源。通常有一个弊病就是水利设施不完备，在天旱时与农田菜地人畜争水，在洪水期易受暴雨山洪冲刷，使池塘变成浅、瘦、漏、小、崩的死水塘。另外，即便是精养池塘，其固定资产投资不超过１０００元，因此缺乏现代化、高水平、精细的水产养殖生产所必须的物质条件，如投饵机、增氧机、水质分析仪、标准饲料，药物等，难以达到综合经营规模，养鱼户（场）缺乏必要的技术储备，无技术改造和扩大再生产所需要的资金，只能维持简单重复再生产的现状。这种缺技术、缺资金、缺市场信息的小生产往往适应不了市场的需要，投入产出之间矛盾十分尖锐，特别是在珠三角地区地租越来越高，环境保护要求越来越严格的形势下难保不被淘汰出局。
二、抢夺破坏性经营造成养殖设施老化。由于承包期短，造成承包户抢夺性、破坏性经营。虽然实行所有权与经营权的分离，以提高池塘产出率和效益率，池塘相对集中到有资金，有技术、有销售信息的养殖户经营。但承包期多为３－５年，时限较短，往往在承包期限内破坏性经营，大量配套塘头养猪、鸡、鸭、鹅、禽畜，开荒（塘基）种菜种草，暴雨一来，大量的泥沙及残饵粪便冲落塘，造成水位变浅，淤泥厚积，塘基坍塌，设备陈旧老化。如果养殖普通家鱼品种，近年来鱼价较低，效益不显著，承包者因此不肯投钱或无经济积累对池塘进行低改整治，造成池塘设施提早提前老化衰退，养殖环境更恶劣，养殖效益更低，陷入恶性循环。
三、自然界养殖水域生态环境条件不断恶化。随着现代化和城市化建设发展，沿东江、增江、西福河两岸的制衣厂、洗漂厂、水泥厂、电度厂、化工厂等４００多家及十几个镇的居民生活用水排放的污水，废水、废油、废气、废尘污染了大自然水域生态环境，由于水域资源过度开发，原有的水产资源生态环境遭到极度破坏，许多水生动植物种群灭绝，许多水草型的山塘、水库、湖泊及江河水草茂盛覆盖率很高，数米深的水草看到，水质清澈。现在由于污染，水质发臭、变黑，有的江段到了无鱼可捕，无蚬可捞的地步。其次，由于生态平衡的破坏，山头光，被植差，水资源逐渐枯竭，致使许多养鱼基地因缺少水源无法养鱼，养殖水面积逐年下降减少。
四、池塘（山塘、水库）养殖水域内源性污染十分严重。由于受利益驱动，池塘等水域养殖普遍实行鱼类高密度养殖，投饲多，排泄物超量，加上配套塘头禽畜的排泄物，造成内源性第二次污染十分严重。据有关养殖专家测算，通过常规高密度养殖方法养１吨淡水鱼产生的粪便量相当于２０头猪产生的粪便量，其氨态氮和活性磷酸盐的浓度比一般池塘增加７．３和１０．３倍，后期治理污染的费用大过养殖的利润，得不偿失。
五、水产种苗种质退化。由于水产种苗制度管理不到位，水产繁育基地（种苗场）管理混乱。业内诸多人士急功近利，对水产苗种进行近亲交配繁殖。造成养殖个体小病害多品质差，良种不良，纯种不纯。省内的例子如低劣不适合人工养殖种质的罗非鱼，不管是池塘、山塘，水库，还是江河湖泊，随处可见，长到三、四两规格满塘繁殖，市场上无人收购，又要消耗饲料。省外的典型例子就是辽蟹南移造成河蟹种质混杂，长江水系的正宗中华绒鳌蟹种质遭严重退化，如今不得不从国外引进蟹种进行杂交复壮。
六、科技诸备严重不足，技术更新速度缓慢。以广州增城为例，增城１６个镇（街）已建渔技站１２个，在机构改革中将镇级渔技站合并到农业发展公司（或服务中心），渔技站名存实亡，全市渔技站原有编制４５人，现仅有在编人员１８人；另一方面现在的养鱼户科技素质差，对发展机遇和科技信息缺乏敏感性，还是老一套传统落后的养殖方法，其直接后果是产品与市场不相适应，养鱼成本增加，经济效益下降，增产难，难增收。目前的水产养殖业仅仅是一种数量型的渔业，极不适应国内外市场的质量型消费需要。２００４年春节期间，我国各大城市的塘鱼市场普遍存在不同程度的压塘现象（特别是热带、亚热带鱼类遭受寒潮袭击时会有冻死大批量的现象，损失惨重），如果再不改革传统落后的养殖为结合了科技和市场的养殖，水产养殖业的道路就会越走越窄。
