如一个群中有特征性的结核病史，而且死后剖检时又发现典型病变，则检查感染器官的压片或切片的抗酸菌，通常即可作出诊断。有时可出现这样一种病例，即由于大剂量感染而产生急性疾病，在感染器官(肝脏尤其明显)出现有灰白或黄色斑点的“摩洛哥皮革”外观。在这种病例中见不到抗酸菌，但仔细检查可见到平行成丛的带棕色折光的菌。若将染色中的热石碳酸复红液染色时间延长到10分钟，则可见抗酸杆菌，这种菌具有极强的抗染料穿透力。
如一个群中有特征性的禽结核病史，并在尸体剖检时见到疑似性病变，但脏器压片与切片中却又查不到抗酸杆菌，则必须用剖检病料作禽结核分枝杆菌的分离。肝和脾是作分离培养的最好脏器，如尸体已腐败，则最好取骨髓，因为它不易污染。禽结核分枝杆菌在含1％丙酮酸钠的培养基中生长最好。如同用于分离副结核分枝杆菌一样，培养基中需加分枝杆菌素。细菌的生长物限于凝集水的边缘。禽结核分枝杆菌可产生典型的“光滑”型菌落，但也可形成粗糙型变异。
分枝杆菌的定型需一个专门实验室。禽结核病通常同1、2、3型禽结核分枝杆菌或由具有这三型中一个型的特征性脂质层的细胞内分枝杆菌血清型b菌株引起。如发现其中之一，即可认为它是病原。如分离物不是其中的任何一种菌株，但仍怀疑为此病时，则必须对它作病原性试验。然而必须记住，笼鸟(尤其是鹦鹉)的浅表性结核病可由结核分枝杆菌引起。因此，如从这种鸟分离到粗糙分枝杆菌菌落，则必须将它们在42℃条件下作生长试验，如在42℃中不生长，则应怀疑为结核分枝杆菌。
如果没有专门的定型设备，则可以通过病原性试验来确定所分离出的细菌是不是病原，最好使用正在进行研究的禽作这种试验，但如果没有，则也可用家禽或日本鹌鹑。试验时，最好选用刚成年的禽。接种物可这样制备：即将一方块铝箔和一些玻璃株装置在螺帽的容器中，灭菌后称重。最后，加入足量灭菌生理盐水，将培养物悬浮成0.1毫克/毫升。随后，给禽静脉注射1ml悬浮液。如病原菌为强毒株，则在5周～6周内禽会死亡，或在此时禽出现许多充满抗酸杆菌的病变。
