牛海绵状脑病的病程一般为14天至6个月，其临诊症状包括神经性的和一般性的变化，神经症状可分为三个类型。
1.最常见的是精神状态的改变，如恐惧、暴怒和神经质。
2.3％的病例出现姿势和运动异常，通常为后肢共济失调、颤抖和倒下。
3.90％的病例有感觉异常，表现多样，但最明显的是触觉和听觉减退。
大部分患牛（87％）出现的临诊症状可分为以上三种。这与中枢神经系统的弥漫性病变相一致。
而常见的的一般症状是体质下降（78％）、体重减轻（73％）和产奶量减少，大部分病牛保持良好的食欲。
在临诊期的某些阶段，大约79％的病牛出现一种临诊症状和一种神经症状。经病理学确诊为牛海绵状脑病的动物，没有只表现一般临诊症状而无神经症状的。
痒病和牛海绵状脑病在临诊上有许多相似的地方，最大的区别是牛海绵状脑病很少出现搔痒症状。
将病牛置于安静和其所熟悉的环境中，有些症状可得到减轻，尤其是感觉衰退这种症状。
出现临诊症状几星期后，病牛因症状加剧而不活动并出现死亡。由于病牛的反复摔倒而出现损伤和不可想象的行为。大多数病牛在发病的早期就应考虑淘汰，从病牛最早出现临诊症状到死亡或被杀掉，少则两周，多则一年，平均为一至两个月。
