为建立食物安全评价体系，韩国食品与药品管理局发布了“转基因食品安全评价办法”，在安全评价中考虑的因素有目的基因、供体生物、受体生物、转基因方法以及包括毒性、过敏性、抗营养因子等食品安全特性。转基因作物的过敏性、毒性、抗营养因子等都需要在动物身上做相应的试验。
为给消费者提供转基因产品真实准确的信息，韩国对转基因产品标识有两种办法：一是转基因农产品标识办法，另一个是转基因食品标识办法。
为向消费者提供准确的标识信息和规范转基因食品标识，韩国食品卫生厅制定了“转基因食品标识基准”。该基准对某些术语进行了定义，如转基因食品是指以利用转基因技术种植、培育及养殖的农、畜、水产品为原材料，加工、制造及调制的食品或食品添加剂；原材料是指制造、加工及调制食品和食品添
加剂时所使用的其成分包含在最终产品内的物质，但不包括人工加入的纯净水；主要原材料是指制造商、加工食品或食品添加剂时用量最多的5种原材料；主标识面是指产品包装物体外表面中印刷的商标及标识文字、消费者购买时通常能看到的外表面。
转基因食品的标识必须使用无法涂抹掉的墨水、刻字或印章，标识字体用与包装面底色对比明显、消费者目视又易区分的印刷字，必须放置在消费者易于看到的产品主标识面上。标识语为“转基因食品”或“含转基因食品”，但是当在产品原材料标识中已列出其中使用的转基因农产品名称时，可以在已列出原材料名称后以括号加注“转基因”或“含转基因”的标识语。“基准”规定，从事食品制造和加工业、快餐销售加工业及零售业、食品添加剂制造业、食品批发业、流通销售业以及食品进口销售业的业主为转基因食品的标识义务人。快餐销售加工业及零售业将自产转基因食品进行陈列和摆摊销售时，可在相应的陈列柜台上进行标识或单独设立标识板，无须在每个出售产品上进行标识。装在运输卫生箱内的豆腐直接对外销售时，可以在相应的箱子上进行标识或单独设立标识板，无须在每块（份）出售产品上进行标识。因产品包装特性的原因无法用墨水、刻字或印章进行直接标识，可以用贴标签的方式进行标识，但标签必须保证不脱落。韩国政府规定，对违反转基因食品标识制者，将被处年以下徒刑及罚款1000万韩元；大豆、玉米等农作物必须标明是否为转基因农作物，违法者将处1000万韩元的罚款。
去年10月，韩国农业与林业部发布了对转基因粮食实行标签制度的新准则。新准则要求，任何一批农产品的转基因粮食成分如果达到或超过3％必须用标签如实注明。而韩国以前的转基因粮食标签规定，只要保持原来结构并未经过加工处理的粮食才需用标签注明。新准则还规定，任何使用转基因粮食原料制成的食品都需要用标签注明其成分，与转基因产品有关的各个环节如生产商、进口商、批发商、中间商、零售商等都要担负起确保适当的标签注明的责任。以包装方式出售的农产品必须贴上标签，而以散装方式出售的农产品则应用标牌注明。
