为提高公众对转基因生物的认识水平，日本在进口第一批转基因作物的前一年，也即1995年，日本农林水产省就开始不遗余力地宣传活动。有的宣传活动由该省直接进行，有的委托“农林水产技术创新协会”承担。除此之外，农林水产省还采取了一种被称为“认同会议”的形式进行宣传。“认同会议”是上个世纪80年代起源于丹麦的一种评定某项新技术的方法，其做法是挑选一些对要评定的新技术没偏见的公众代表和持中立立场的公民开会，通过讨论对某项新技术形成一致认同。后来这一方法在荷兰、新西兰、挪威、瑞典、英国和美国等国得到推广，日本也采取这一方法对“转基因作物的风险与好处”这个题目征求公众建议，以提高公众对生物技术的认识水平。
对由生物技术生产的新产品进行安全评估工作由日本厚生劳动省负责。产品一旦被通过，必须在日本政府的“公告“上刊登；农林水产省负责环境安全评估（重点是评估对环境可能造成的破坏）以及饲料安全评估。对将要进口或在日本国内种植的作物，开发商必须通过由日本政府组织实施的田间测试。
对进口产品和零售的加工食品，日本一律进行严格的检测。一旦在食品中发现未经允许的转基因成分，该食品被认定为触犯了日本食品卫生法。MHLW直接负责在报关港对产品进行检测，对零售领域的加工食品的检测由当地健康保护部门执行。所有检测都依据厚生劳动省MHLW颁布的抽样检测计划实施。如在报关港发现未经允许的转基因成分，该产品必须退回或销毁，或转为非食用用途。如在零售领域发现未经允许的转基因成分，其制造商必须马上收回所有产品。
日本对转基因食品的标识工作也非常重视，早在1997年5月，农林水产省就建立了一个包括消费者代表、专家、生产者和经销商等组成的转基因食品标识委员会。该委员会通过广泛深入的讨论，于1999年8月建议实施转基因食品标识，并提出了转基因标识食品的目录。转基因食品标识要求说明转基因食品是否与常规食品具有实质等同性，重组DNA及由此产生的蛋白质是否在食品中存在。农林水产省决定将标识委员会建议的标识系统纳入到《农林产品标识与标准法》中，该法案于2001年4月1日开始实施。转基因标识标准中的转基因食品强制性标识目录每年都进行修改，修改过程中充分考虑转基因作物的科研、生产和流通现状以及新的检测方法和消费需求等多种因素。
对通过审查的生物技术产品的标识，农林水产省和厚生劳动省根据食品卫生法和日本农业标准法（JAS）有关规定进行管理。根据日本有关规定，凡是转基因食品都要在包装上加以说明，无论哪一类食品都必须附上明显的标识。某种产品如要被标识为“不含转基因”，必须具备两个条件，一是该产品中转基因成分含量须低于5％；二是必须证明在生产和销售的每一阶段对转基因成分的处理都是基于“身份保持（IP）”基础之上的。
尽管日本政府对转基因作物、食品和饲料进行安全评价，但日本公众对转基因产品的安全性仍然心存疑虑。消费者组织等一些民间机构对转基因作物仍持反对立场，并发起了许多反对转基因作物、食品和饲料的抗议活动。据报道，一半以上的日本消费者对转基因作物持否定态度，不愿意食用转基因食品的消费者的比例还在上升。消费者对转基因作物的否定态度已开始影响日本的食品加工业，大多数酿酒商都停止使用转基因产品酿造啤酒，豆腐厂等相当一部分生产传统日本食品的公司纷纷使用非转基因原料，并标记上“没有使用转基因大豆”。
